Les travaux d’assèchement sont repris et intensifiés sous Henri IV, qui, dans une perspective de reconstruction, accorde divers privilèges à des investisseurs huguenots originaires des Pays-Bas. 
De grands aristocrates de la Cour ne tardent pas à entrevoir les profits qui peuvent être tirés de ces assèchements, malgré les difficultés nombreuses qu'ils rencontrent dans leur réalisation.

Napoléon I^er prend en 1808 un décret d'aménagement de la Sèvre Niortaise, pour en conforter la vocation navigable. Cette décision constitue le premier acte d'une campagne de grands travaux qui vont, entre le début du XIX^e siècle et le début du XX^e siècle, donner au marais mouillé l'aspect que nous lui connaissons aujourd'hui.

De grands travaux hydro-agricoles ont été réalisés dans les années 1960 (remembrements, création de nouveaux évacuateurs, recalibrage de canaux), puis dans les années 1980 (développement du drainage agricole par drains enterrés), dans une perspective d'assèchement généralisé et d'intensification de la production agricole, avec une spécialisation de plus en plus marquée des exploitations dans les cultures céréalières.

Du coup, une polémique est née de la sur-exploitation des richesses hydrauliques du secteur. L'assèchement forcé du marais poitevin a provoqué un recul de la biodiversité, notamment pour une très grande quantité d'oiseaux (plus de 250 espèces répertoriées). Le déclassement du Parc naturel régional en 1997 a provoqué une remise en question chez tous les acteurs du lieu qui doivent œuvrer en commun pour ne pas détruire une espace naturel très particulier et fragile.

Les canaux ont différents noms, selon leur importance (croissante) : le fossé, la conche, le bief, la route d'eau, la broue, la gonnelle, la rigole, le canal, le contre-bot (…). La rigole est une voie plus grande que la conche elle même plus grande que le fossé.

Le terme « marais desséché » ne signifie pas qu'il n'y a plus d'eau mais qu’il n'est plus inondable, au contraire du « marais mouillé » qui l'est.

Il ne peut y avoir de marais desséché sans marais mouillé. En effet, ce dernier agit comme une éponge qui permet de réguler l'apport d'eau en provenance du bassin versant. Les eaux d'inondations s'y épandent, ce qui protège le marais desséché des crues. Autrefois composé de vastes espaces de prairies, le marais desséché a été gagné au cours du XX^e siècle par les cultures intensives (céréales, maïs, tournesol...).

Le marais desséché est en fait un polder. Il est cerné de digues qui le protègent à la fois de la mer et de l'eau du bassin versant. L'eau est évacuée au moyen de portes à flot (ou portes à la mer) qui laissent partir l'eau à marée basse. À marée haute, la pression de la mer ferme les portes et empêche l'eau salée de refluer dans les cultures. Durant la saison sèche, les portes à flot sont fermées, afin de garder l'eau nécessaire à l'irrigation naturelle par le sol.

Le marais mouillé étant tributaire des inondations, c'est ce qui explique que s'y soient développées des cultures de cycle court, comme celle des mojhettes (haricots blancs) dont le cycle est de trois mois, ce qui correspond à la période hors risque d'inondation.
les Mojettes sont excellentes , les meilleures , et ne font pas mal au ventre !

 



L'élevage a longtemps été l'activité principale des marais mouillés, où se sont développées des coopératives laitières. La déprise agricole se traduit actuellement par un entretien insuffisant des canaux qui bordent les terrains.


 En certains lieux, les propriétaires ont tendance à réunir leurs parcelles contiguës pour n'en former qu'une seule. La conséquence conjuguée d'un tel remembrement et d'un manque d'entretien aboutit à une moindre efficacité du marais mouillé qui assure de moins en moins bien ses rôles d'éponge, de régulateur et de filtre épurant les eaux.