Un canyon est le résultat de longues périodes d'érosion fluviale dans des régions sédimentaires où alternent strates dures et strates tendres,

À l'origine du processus de formation, le réseau hydrographique coulait lentement sur des apports argilo-calcaires étalés sur de vastes plaines.
À la suite de mouvements tectoniques, le niveau de base s'étant modifié (les plaines s'étant soulevées ou bien le niveau de base s'étant abaissé), les cours d'eau se sont encaissés, leur vitesse s'étant accélérée sous l'effet d'une pente plus forte et leur débit, ayant pu être accru, du fait de précipitations plus abondantes
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Le processus d'érosion a été parfois favorisé par la présence de cavités souterraines situées sur le parcours des rivières.
Des traces de ce long travail s'inscrivent dans le paysage sous la forme d'arches de pierre reliant les deux versants du canyon (comme le célèbre Pont d'Arc des gorges de l'Ardèche).

Lorsque le cours d'eau atteint son profil d'équilibre, il cesse de creuser. La vallée qu'il a contribué à créer reste étroite en raison de la résistance des roches des versants qui présentent des pentes inégales (les calcaires forment des corniches, les marnes des replats)

Sculpté dans la formation calcaire de Palliser il y a environ 160 millions d'années, le Canyon Maligne s'enfonce à une profondeur de 55 mètres.

Situé au cœur du Parc national de Jasper, le plus grand et le plus septentrional des parcs canadiens des Rocheuses, il offre une vue spectaculaire sur le lac du même nom et est alimenté par une soixantaine de sources.

Les chutes, les fossiles, les marmites de géant, les sources de vapeur souterraines, les nids de corbeaux et de rares martinets sombres, l'étonnante exubérance de la végétation et l'effet étincelant de l'action du gel, ce ne sont là que quelques-unes des merveilles du canyon Maligne. L'eau tournoyante et tumultueuse a usé le canyon, de seulement deux mètres de largeur à certains endroits, jusqu'à une profondeur de plus de 50 mètres.

Le canyon Maligne est sculpté dans la formation de Palliser, couche de calcaire déposée dans une ancienne mer tropicale peu profonde par du plancton sécrétant de la chaux, il y a environ 365 millions d'années. Des géologues prétendent que certaines parties du canyon étaient à l'origine des grottes profondes qui ont été mises à découvert par le raclage glaciaire et l'érosion.

Parcs Canada a aménagé un sentier d'interprétation autoguidé le long du canyon. On y trouve des panneaux qui décrivent l'histoire géologique de la région. Quatre ponts enjambent la gorge et offrent chacun une vue particulière. Une courte boucle permet d'atteindre les abords d'amont du canyon, et un sentier plus long suit la gorge pour se terminer au cinquième et sixième ponts en aval.